More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0015 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>