299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0059 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309213  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0019  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0002  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>