More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0038 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>