299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0024 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0013  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0016  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.669511  normal  0.713856 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3645  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3670  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1733  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0046  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.567197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2972  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0056  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.220185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0015  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0016  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000863002  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0049  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.716043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>