More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0051 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0045  tRNA-Ala  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000176076  normal  0.226339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0057  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102505  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>