193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0011 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000903927  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3154t  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000967763  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000017739  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000282394  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0012  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.571236  normal  0.0197692 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1858  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>