183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4318 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0604  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.398612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0023  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00654799  normal  0.745074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>