125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0006 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0005  tRNA-OTHER  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0023  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00654799  normal  0.745074 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0025  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0010  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.332362  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0018  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>