More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0046 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  98.04 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  87.69 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>