More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0032 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>