110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA52 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0005  tRNA-OTHER  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0023  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00654799  normal  0.745074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.443767  normal  0.830121 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>