More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0032 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>