263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0029 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0038  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0071  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0011  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0043  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna33  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166736  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0011  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.312587  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0039  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0014  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.247268  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0031  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0042  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0034  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0038  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.944323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0023  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0236487  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>