298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0019 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0011    100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0020  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.844212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124606  normal  0.113199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>