146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0052 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0017  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0754329  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0031  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.190319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0069  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.18202 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6022  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0024  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.117036 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>