299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6022 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0031  tRNA-Phe  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.190319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0069  tRNA-Phe  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.18202 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6022  tRNA-Phe  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0024  tRNA-Phe  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.117036 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>