299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_R0072 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  94.44 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  98.21 
 
 
76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  98.21 
 
 
76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  96.43 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0034  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000955426  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0113  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465386  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  98.04 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  91.55 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  93.55 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  93.55 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  93.55 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  97.96 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  97.96 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0006  tRNA-Phe  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  88.89 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>