More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03599 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  97.26 
 
 
79 bp  129  9.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  123  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  123  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  123  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  123  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  95.38 
 
 
76 bp  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  96.61 
 
 
76 bp  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  95.16 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  96.55 
 
 
73 bp  99.6  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  95.16 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  95.16 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  95.08 
 
 
73 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.08 
 
 
73 bp  97.6  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  93.85 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>