299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0028 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0010  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0047  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000150278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  98.21 
 
 
76 bp  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.16 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4139  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.32664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4150  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.552056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0085  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0384171  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t081  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t091  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>