299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0004 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00055  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00056658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3461  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4281  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3292  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.166074 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0073  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.824805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0071  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.171238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0080  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4591  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.441265  normal  0.285962 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4717  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4271  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0064  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4952  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5650  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000510114  normal  0.526212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t100  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000153181  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>