299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tPhe01 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPseudo01  tRNA-OTHER  100 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00055  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00056658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3461  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4591  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.441265  normal  0.285962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3292  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.166074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4717  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0080  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4281  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0064  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4271  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0071  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.171238  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0073  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.824805  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0061  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000736114  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0036  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000108389  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>