More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0059 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 79 bp  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  95.16 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  95.16 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>