More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0029 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 78 bp  143  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0024  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.117036 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0034  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000955426  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0113  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0006  tRNA-Phe  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0031  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.190319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3461  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0069  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.18202 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6022  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>