More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna104 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 79 bp  109  9.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0043  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000783978  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6022  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0031  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.190319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>