299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0039 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0006  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0034  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000955426  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0113  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0047  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000150278  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  96.23 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07689  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.754049  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0010  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4139  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.32664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4150  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.552056  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R13  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>