299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_t07689 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_t07689  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.754049  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0062  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357988  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0030  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R13  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0034  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000955426  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0113  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0006  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0031  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000781489  hitchhiker  0.000000692381 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0054  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0030  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000864029  hitchhiker  0.00000418087 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0044  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000279545  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0061  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000736114  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0036  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000108389  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0064  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0324982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0066  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.572746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0568  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 155 bp  65.9  0.000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0039  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892118  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0050  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0073  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>