More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt23 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07689  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.754049  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0054  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0039  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892118  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0030  tRNA-Phe  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0062  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357988  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0208  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0207  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0010  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t081  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t091  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t100  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000153181  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0085  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0384171  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t028  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00444384  normal  0.0406037 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t030  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00416804  normal  0.0398749 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0043  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000783978  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>