More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0017 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  96.49 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  96.49 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0039  tRNA-Phe  94.74 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892118  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  97.73 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.394073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  97.62 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0208  tRNA-Phe  92.59 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0207  tRNA-Phe  92.59 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0029  tRNA-Phe  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000341854  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  91.23 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  92.31 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0054  tRNA-Phe  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  95.45 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  95.45 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  95.45 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0053  tRNA-Phe  95.35 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.189641  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0050  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  95.35 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  87.32 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1216  tRNA-Phe  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.777454  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>