More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0006 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4139  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.32664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4150  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.552056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  96.67 
 
 
76 bp  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  96.61 
 
 
73 bp  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  96.61 
 
 
76 bp  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  96.61 
 
 
76 bp  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  96.61 
 
 
76 bp  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  96.61 
 
 
73 bp  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  96.61 
 
 
73 bp  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  96.61 
 
 
73 bp  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t081  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t091  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0085  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0384171  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0043  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000783978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t100  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000153181  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t030  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00416804  normal  0.0398749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0010  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t028  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00444384  normal  0.0406037 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  90.79 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  90.79 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  90.79 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  90.79 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.361914 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>