299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0034 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000955426  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0113  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0085  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0384171  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t081  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t091  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0043  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000783978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t100  tRNA-Phe  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000153181  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t028  tRNA-Phe  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00444384  normal  0.0406037 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t030  tRNA-Phe  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00416804  normal  0.0398749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0006  tRNA-Phe  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>