More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0022 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.42 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0039  tRNA-Phe  94.74 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892118  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  94.74 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  94.74 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  93.22 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0208  tRNA-Phe  94.44 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0207  tRNA-Phe  94.44 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0029  tRNA-Phe  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000341854  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  89.04 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  92.98 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  91.53 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  94.12 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  94.12 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>