299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0063 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0006  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.241248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0047  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000150278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>