299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0039 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0024  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.117036 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27710  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0015  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>