299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA76 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  98.31 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 79 bp  109  9.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  98.31 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00055  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00056658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3461  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4591  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.441265  normal  0.285962 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0064  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0073  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.824805  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3292  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.166074 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0080  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0071  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.171238  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4333  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0560491  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4271  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4717  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4281  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>