More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0010 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  97.3 
 
 
76 bp  131  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  98.28 
 
 
79 bp  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  98.28 
 
 
76 bp  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  98.28 
 
 
78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>