277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0059 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>