299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0014 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0017  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0754329  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>