290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0067 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0006    100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>