299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0060 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  97.67 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0053  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.189641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>