299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0003 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27710  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  97.83 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  97.83 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  97.83 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  97.78 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02500  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0173086 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0029  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000341854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0055  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.579844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0053  tRNA-Phe  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.189641  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0039  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0036  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000856432  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0006  tRNA-Phe  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.241248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>