299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0035 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27710  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02500  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0173086 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0036  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000108389  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0061  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000736114  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>