299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_R0055 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00055  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00056658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0086  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3292  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.166074 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4952  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4271  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4591  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.441265  normal  0.285962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0073  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.824805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0011  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281191 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3610  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3366  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.557417  normal  0.506535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0079  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.361914 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0064  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3461  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0071  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.171238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0080  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4717  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4603  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000814099  normal  0.709992 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4281  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4698  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5650  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000510114  normal  0.526212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>