299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0052 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  92.54 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>