178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0044 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  96.77 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14013  tRNA-Phe  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.4351199999999998e-39  hitchhiker  0.00000351067 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0056  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0504799  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0043  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.50689  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  89.33 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>