77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0017 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0017  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0754329  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02500  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0173086 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0053  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.189641  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0038  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0035  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000639366  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0038  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000542826  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0055  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.579844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0053  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0098  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.772561 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0016  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139596  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>