299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NATL1_tRNAPheVIMSS1309181 on replicon NC_008819
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL1A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0053  tRNA-Phe  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0053  tRNA-Phe  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.189641  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0055  tRNA-Phe  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.579844  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0594  tRNA-Phe  95.56 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0073  tRNA-Phe  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000194446  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02500  tRNA-Phe  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0173086 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0068  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0003  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.22263 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  95 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  95 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  93.18 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  95 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  95 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  93.18 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4139  tRNA-Phe  85.92 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.32664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4150  tRNA-Phe  85.92 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.552056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27710  tRNA-Phe  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0017  tRNA-Phe  88.89 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0754329  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00079  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0014  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3281  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0091  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704949  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0037  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0733  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00229797  decreased coverage  0.0082117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0021  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.811173  normal  0.0253412 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4722  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00159768  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4210  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3358  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4717  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819491  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4591  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.441265  normal  0.285962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4599  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0161  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000129088 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0016  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0448641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0083  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3111  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0206196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0101  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341068  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  92.68 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5068  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.568702  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4682  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4739  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.653879  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4952  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5108  tRNA-Phe  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3292  tRNA-Phe  91.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.166074 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>