More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R31 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  96.97 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0031  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000781489  hitchhiker  0.000000692381 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0030  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000864029  hitchhiker  0.00000418087 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0029  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0902412  normal  0.0228096 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2889  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2890  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000200194  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2891  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000194238  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2892  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0567  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0030  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0087  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000568391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0084  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0024  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143684  normal  0.454789 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0025  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148774  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>