126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0012 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0035  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.365038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0027  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0025  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.161646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1829  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.595078  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0034  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 70 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822827  normal  0.513071 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0008  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0027  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000583067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0028  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000204522  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0033  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344077 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0034  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0025  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.728693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0077  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0076  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0056  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0054  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00592499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0071  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0070  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2221  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2267  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0500335  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0047  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0440889 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0024  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0027  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000619703  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0028  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000184427  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0021  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.552016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0014  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566187  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>