More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0045 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0031  tRNA-Ser  97.92 
 
 		 71 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.653188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0021  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356403  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1934  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.810073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0033  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4247  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 71 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000042551  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4248  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 71 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404741  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0051  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0048  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636715 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>