276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0027 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  94.44 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  94.44 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0040  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0015  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000090416  normal  0.096467 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0012  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00139972  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0058  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0204591  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0067  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0041  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000136051  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0040  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000158111  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0058  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161243  normal  0.35432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0059  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000863176  normal  0.357197 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1827  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383141  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0041  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0039  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.480095  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0040  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.345644  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0039  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.340367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2505  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000358439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2777  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132175  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0044  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.975167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0049  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0032  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000399959  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0050  tRNA-Phe  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  86.96 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  86.96 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0054  tRNA-Phe  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  86.11 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  86.11 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  86.11 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  90.2 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>